“Con el objetivo de profundizar el estudio de casos asociados con la variante Delta, se realizaron la secuenciación del genoma completo y análisis evolutivos”, dijo Ariel Amadío, investigador de la Unidad de doble dependencia INTA Rafaela-Conicet, que estudia junto a su equipo las mutaciones que aparecen en el virus. Este trabajo se da en el marco del consorcio PAIS para el análisis de variantes de coronavirus circulantes en la Argentina.
Según Amadío “lo que se realiza es una reacción de secuenciación para determinar la composición genética completa del virus, lo que constituye su genoma. Para ayudar a comprenderlo, podemos pensar que el virus tiene 30 mil letras (A, C, T o G), distribuidas de una manera particular. Esos son los componentes de su ADN, igual que ocurre con cualquier ser vivo. En el caso del genoma humano las letras son 3 mil millones”
La secuenciación implica amplificar todo el genoma en pequeños pedacitos, que se superponen mediante lo que se llama PCR (reacción en cadena de la polimerasa), que es la misma que se utiliza para su diagnóstico, pero ampliada, abarcando todas las regiones del genoma del virus.
Un secuenciador automático determina estas secuencias y, con esa información, se reconstruye el genoma completo del virus. “Esto nos permite compararlo con referencias y asignar ese virus a uno u otro linaje y detectar mutaciones” explica Amadío.
Respecto de la posibilidad de secuenciación o no de las diferentes muestras, el investigador aclara que no todas son factibles de analizarse porque requiere que tengan una determinada carga viral mínima. En función de esto, se realiza la selección de las muestras que van a ser secuenciadas.
Por otra parte, el laboratorio Central de la ciudad de Santa Fe está realizando un tamizaje por tipificación de variantes, que permite determinar la presencia de una mutación, y eso se transforma en una sospecha de pertenencia a un linaje que debe confirmarse luego por secuenciación del genoma completo.
Respecto de la variante Delta, el investigador aclaró que, por el momento, fueron poco más de 10 muestras las analizadas de esta variante en circulación en la provincia. La variante Gamma (detectada por primera vez en Manaos) sigue siendo la que causa la mayor cantidad de casos y -en menor medida- Lambda, una variante muy característica de Latinoamérica. Todas las variantes que circulan en la actualidad son consideradas por la Organización Mundial de la Salud como “variantes de preocupación”.
